Il devient photographe de mariage à la sortie du lycée puis étudie la photographie à l’ETPA de Toulouse. À partir de 1985, il collabore régulièrement avec les quotidiens Libération et Le Monde et devient membre de l’Agence Rapho en 1990.
Portraitiste mais aussi spécialiste des sujets intimistes, il photographie puis filme les prostituées des maisons closes de Francfort (Madonnes Infertiles). En 1993, il coréalise une fiction tournée pendant la guerre en Bosnie (Elvis). En 2004, la série Traffic montre les New-Yorkais coincés dans les embouteillages. Pendant l’été 2005, il projette des images des victimes irakiennes sur les maisons, églises, supermarchés américains (Collateral). Pour sa dernière série, Stardust (2006), Bourcart a photographié dans les cinémas l’image floue qui est arrêtée par la vitre qui sépare la cabine du projecteur de la salle du public. Parallèlement à ses travaux photographiques, il réalise des films : (de) la fenêtre (1994), Céline en galère (1996), ou Rapture (2004) et It’s Today (2006).
Son travail a été présenté dans de nombreuses galeries et musées à travers le monde et a été récompensé par le prix Polaroïd en 1984, le World Press Photo en 1991 et le prix du Jeu de Paume en 2007. Ses photographies sont dans les collections du MoMa de New York, du Fonds National d’Art Contemporain, de la Maison Européenne de la Photographie, Paris, et du Mamco de Genève.
Jean-Christian Bourcart est repésenté par l’agence Rapho.